わたしのところではレジストリークリーナーを推奨していません。
だって仕事に使うのにそんなに頻繁にソフトをインストールやアンインストールするわけがないからです。
私の先輩の意見ではレジストリークリーナーは怪しいものが多いので使わない方がいいそうです。　それくらいならOSからインストールし直したほうがいいとも言われました。
フリーソフトのpcviewで現状の設定を一覧にしておけばOSからインストールし直すときも比較的用意にもとの状態に近づけることができます。

お疲れ様です。

当方では、原則PCへの無許可なソフトウェアはインストールはさせないようにしています。

とはいえ、あまり意識がなくフリーウェア等で勝手に入れていたり、業務システムの関係でどうしてもAdministrator権限を与えざるを得ない端末で、見慣れないソフトが入っていることがあります。

レジストリのツールに限らず、OSの設定を変更するツールは使用禁止にする方向がやはり情シスの管理効率面から考えると、よいのではないかと思います。

以前に担当したことがあるお客様で、支給のPCを勝手にリカバリして、業務システムが使えなくなったと連絡があったということがありました

やはり、システム面の責任（＝復旧）を誰がするかと言うことを考えた場合、ユーザーサイドに業務外部分のカスタマイズをされそれが原因の故障（障害）の修復だけ情シスというのは、担当者としてはあまり納得いく話ではないですよね。
こういった、本来不要である作業はやはり避けるためにも、禁止事項をある程度作ることを推奨したいと思います。

会社で使うＰＣにおいては、とくにそのようなソフトは必要ないかなと思っています。あまり常駐物などは、他のソフトとの干渉などがあり、問題が発生した場合に原因追及に時間がかかることがありますし。
あまり、一般ユーザーに混乱が起きないよう、常駐ソフトも最低限必要なものだけにしております。

[CCleaner]を１年以上前から使用しています。
さすがにサーバーでは動作させていませんが、それ以外のPCでは良く使用しています。特に標準環境を設定する際には、最後に実行しています。現在まで、大きな不具合は起きていません。

ユーザーへのアナウンスですが、特に積極的には行っていません。ちょっと調子が良くない時や遅い時などに、対策の１つとして情報システム担当者が実行するくらいです。一部のユーザーは自己判断で使用していると思います。

基本的に「PCの管理はユーザーの自己責任」が原則になるため、そのような運用にしている面もあります。