間接的な方法になりますが、それでよければ。

iTunesはGoogle Chromeを認識できません。
できればことは簡単なんですが・・・

ですが、Internet Explorerを経由すれば
同期が可能です。

ブックマークを同期するソフトウェア「BookSync」等を
使用し、Chrome→IEにブックマークを同期させてください。
同期後、iTunesを利用し、IEとiPhoneのブックマークを同期させてください。

iTunesとIEの同期の方法は、iTunesにiPhoneを接続した状態の「情報」タブの
下の方に、「その他」の「ブックマークを同期」にチェックを入れることでできます。