お疲れ様です。

うーん、難しいですね。

単なる物と考えるか、ノウハウのある商品と考えるかが大事だと思います。

たとえば、今まで１００時間かかっていた業務がシステムの発明により10分でできるようになった。このシステムの開発は1ヶ月かかった。1ヶ月の原価は80万円と、考えたときに、このシステムを他社が80万円で購入できるかという話で考えると、アイディアやノウハウが詰まっているから、原価の相当倍数の金額を支払う必要があるでしょう。

「システム」そのものの扱いが委託先業者にとってどういう物であったかがキーになるのではないでしょうか？

今回の業務委託に伴い、業務遂行専用のシステムを開発したのか？
もし、そうであれば、その委託を受けた業者はどのような業務委託を受けていたかによります。製造のように製造工程や設計などすべてが発注元からの指示であれば、そのシステムは発注元のノウハウをくみ上げたということになるので、技術的価値やノウハウという意味では価値が低いでしょう。

逆のパターンで言うと、コールセンター業務委託で、回答内容等は業務指示をしたが、手法や情報管理について指示をしていなかった。受託した業者が依頼業務を遂行するために、効率的に業務が進められるシステムを開発した場合は、ノウハウは開発元にあるわけですから、それ相当の価格での購入となるでしょう。

本件を見ると、開発に1000万円以上かかっているとありますが、原価を基準にはあまりしない方がよいでしょう。その開発価格が妥当かどうかは、成果物を元に積算する必要があります。

そのシステムを導入することで実際に手作業やExcel、他パッケージソフトと利用した際にどのくらい差が出るかを元にシステムの価値を積算することをおすすめします。
それに開発費用に減価償却をした残り分を足すぐらいですかね・・・。

法律的にどうかはわかりませんが、そういった考え方で試算されると何らかの指標は出せるかと思います。

たしかに難しい案件ですね。書いてあることだけでは判断出来ないこともあります。たとえば　Ａ社はシステム開発の依頼を受けていたのかどうか。そうではなくて業務委託だけを引き受けていて委託料を受け取っていたのなら、本来の委託業務の原価引くシステム開発費がＡ社の利益になると思われたからＡ社は（勝手に）システムを開発したのならシステムの原価は相殺されて０と判断し、買い取り価格は市販のパッケージ相当（同程度）分とするのが妥当でしょう。

A社は、弊社用のシステムに過去1000万以上開発、運用にコストをかけてきた
１０００万に運用が入っているならそれは業務委託費に含まれるものとして運用コストは差し引くべきです。いずれにしても今までに支払った業務委託費を差っ引けばかなり減額されるでしょう。委託期間の長短にも寄りますが５年以上委託していたのなら残額は０になるかもしれません。
もうひとつ絡む事として「本業務を弊社が引き取る事」になった理由があります。Ａ社側から「引き取ってくれ」と言い出したならかなり安く交渉できるはずです。もしそれに要した人員も引き取るなら０でもいいかもしれません。人が来ないのなら０では格好が付かないので「２００万でどお？」みたいな感じになるでしょう。この件では往々にしてどっちの立場が有利かで価格が変わってきます。

私の所の例ではＩＴではありませんが、
・その業務に携わっていた者は出向させる。（給与は相手持ち）
・備品・工具は無償で譲渡。
・土地・建物は賃貸として今後は相手が利用料を払う。
として「移管費用は無償」とした事があります。

難しい案件がきましたね。
論点がはっきりしないので、一度状況を整理なさったほうが良いかもしれません。

1)業務委託契約の中にシステム開発が含まれているのかどうか
　yes→特に記述が無い限りは開発・運用の費用は業務委託費に含まれているので別途請求するのは疑問ですね。
　no→2)へ

2)委託していた業務を引き取る場合の、開発したシステム等に関する特約の有無
　有→特約に従えばOK
　無→3)へ

3)「委託業務を引き取ること」＝「システムを買い取ること」なのかどうか
　（委託業務を遂行するにはシステムが必須なのかどうか）
　yes→本当に1)はnoでしょうか？また、システム無しでは遂行できない業務内容にA社が勝手にしたという可能性はありませんか？
　no→システム買取時と委託業務のみ引取時の比較をし、検討・判断する
　

決着がついたのでしょうか　ちょっと興味があるのでその後の経過報告などしていただけたらと思います。

やはり

弊社用のシステムに過去1000万以上開発、運用にコストをかけてきた
のは「月々の業務委託料の中で相殺されて相当減額されるのが普通」と思いますよ。「その金額が当該システム買取料金」というのは虫が良すぎる話と思います。