対策として、Adobeのサイトからスタンドアロンのインストーラを取得してファイルサーバーに置いておき、そのファイルを実行することでアップデートしてくださいと案内をしています。

ファイルの取得↓
http://helpx.adobe.com/jp/flash-player/kb/cpsid_82697.html

でも、通知から実行する人も多く悩ましいです。

弊社の基幹システムもWebシステムなのですが、クロームには対応していないため、アンインストールしないと業務ができなくなります。困ったものです。
ただ、アドビの更新プログラムのインストールの際にはやたらに先に行かずに「クロームをインストールする」のチェックを外せばよいわけですから、これをひたすら社内に徹底中で、最近は「被害報告」がありません。