弊社でもphpmyadminについて同じようなことをよく聞かれます。
ちょこちょこセキュリティホールが見つかるので、インストールしていませんと
回答しています。
ただ、技術系のパートナー様などからも問い合わせが来ますので、
CUIでやってくれというのが通用しなくなってきているのかなと感じています。

当社ではnavicatとOBをDBにより使い分けています。
5年以上になります。
mysqlはNaivicat、Oracleは　OBです。
無償品は、誰でも使えるので　レンタルサーバー会社提供以外では
つかいません。

GUIは無いと困るものです。

スピード重視や保守でmyphpadmin を使うことはインストの時ぐらいですね

お疲れ様です。

弊社ではphppgadminやphpmyadminなどは積極的に入れていますね。
やはりデーターの確認や編集、CSVへの出力など活用も含めオペレーションが楽になります。

セキュリティ面については考え方次第かなと思っております。
操作用のAPサーバーを立てて、そこにWEBGUIツールをインストールし、そのサーバーからしかDBに接続できないようにするなどのセキュリティ対策をすることでDBツール利用者のログもとれますし、直接的にDBのポートを開ける必要もなくなるので、セキュリティ面が上がるという考え方もできると思います。
（アプリがWEBとかの場合に効果ありですが、C/Sの場合は、クライアントアプリが直接DBにつなぐのであれば、そこまでの効果はないですけどね）

ただ、脆弱性の管理面としては管理ポイントが増えてはしまいますが・・・。

私もSQL*PLUSをよく使いますが、中のデーターをじっくり見るときはGUIのSQLツールの方がなにかと便利がよいときが多いです。