お疲れ様です。

重複メールの発生頻度はどの程度ありますか？
移行時のインポート作業で1度のみでしょうか？それとも、他の要因があって日常的に発生しますか？
インポート作業であれば、取込時のオプションで対応可能です。
日常的であれば、その原因を解決していくべきでは？

ただ、そうは言っても何かやむを得ない事情がある場合もありますよね。
回答として、下記URLを発見しましたがいかがでしょうか？

世間でもときどきそういう「重複メールが届くので　重複メールを削除するにはどうしたらよいか」という質問があるのですが、私はその対策として「重複メールを削除するツール」というものは疑問に思っています。
理由は
・重複になる原因の排除が最優先でしょう　”よくわからないから自動削除”はちょっとこわい
・自動削除がこわい　のは　どんな条件で削除するのか　が特定できるのだろうか疑問　というところにあります

スパムメールでもそうですが「自動で削除」には、かならず「必要なものまで削除しちゃった」がつきものです。　スパムフィルターではスパムフォルダーに移動するだけで削除は人間が行う場合が多いと思いますが、見ればスパムと判断出来るのでそんな方法でもいいですが、　重複削除で別フォルダに移動したらかえって面倒です。

ウチの環境では、重複メール　ということが起きたことがないのでよくわかりませんが、なぜ起こるのでしょうか？？　私のメールは公私とも複数のパソコンから見る・受信するということがいくつも設定（＝コピーを残す）されていますが、重複メールというのは起きたことがないです。

重複メールを削除するツールの導入よりも重複メールにならない環境づくりが必須と思います。