お世話になります。
弊社のクライアントPCで発生した現象でインターネット上で2日かけても情報が見つけきれなかったものの、なんとか解決できたので情報共有させて頂きます。

【現象】
OS標準のウィンドウでフォントの種類が普段と異なるためにレイアウトが崩れてしまう。
【環境】
Windows7 Pro 32bit
【解決策】
①JIS90互換フォントパッケージ(KB927490)をインストール
②フォントからMeiryo UIを削除→他のパソコンからフォントファイルをコピーしてインストール

インターネット上の情報では、たいてい①で直ったという情報が多いのですが、弊社では直りませんでした。
結果として、原因はMeiryo UIのフォント自体がなぜか無くなっていたため、インストールし直すことで解決されました。

勘でシステムフォントが怪しいことは気付いていたのですが、UI Gothicが標準フォントだと思い込んでいたのがハマった原因です・・。
この情報が誰かの助けになれば幸いです。