①セーフブートでの起動
②ディスクのアクセス権の検証、修復
http://gori.me/mac/mac-tips/67244
の２つをお勧めします。

回答ではありません

私が社内のＭＡＣユーザに言うのは
「ＭＡＣを社内業務に使用するのは構わないが、トラブルがあっても情シスに聞くな。　情シスはＭＡＣを使っていないし、使う気もない、推奨もしていない。　ＭＡＣを使うなら自分で解決策を探すか、よい先生を自分で見つけなさい。」
です。

情シスという立場ではなく、MACユーザとして回答します。
私は、メンテナンスユーティリティの「OnyX」を使用しています。

OnyX の公式サイトや、 OnyX のMac Updateのページなどで入手できます。
必ずベータ版ではなく、安定板を利用してください。
対応しているOSに注意してください。
※まともに動作しない場合があります。

会社所有のMACに使用はお勧めできません。
あくまで、自己責任で使用してください。

てつヒーローさん

アドバイスありがとうございます。
最終手段として考えさせていただきます！

desatoさん

情シスとしての立場の考え方として、そのような考え方もありますね。
今回についてはこちらでサポートしてあげないと厳しそうなので頑張ります！

轟さん

とても参考になりました。
ありがとうございます！
セーフブート何回か失敗しました。簡単な操作ですが難しかったです。。。