質問
ファイル数にもよりますがGASには実行時間が5分間という制限がありますから、JavaなどからAPI叩くのかなと思います。
外部に漏洩する可能性を気にしておられるなら管理コンソールのドライブ設定から外部との共有をオフにする設定にするのが良いと思います
サテライトオフィスという会社の、GogoleApps管理者便利ツールで実施できる部分があるかも・・・しれません。見てみて下さい!
http://www.sateraito.jp/Google_Apps_ManagementTools.html
質問
管理者側で誰がどのファイル(フォルダ)を共有しているか設定しようと考えているのですが
実際運用している方はどんな方法か教えていただけますでしょうか。
GASかAPIで行おうと考えているのですが業者もありますよね?