試しに既存のポートLPT等に一度切り替えて適用してから該当ポートを削除してみて下さい。
大抵の場合削除できる様になります。

ポートの削除にサービスの停止なんて必要なかったと思いますが・・・

それ、本当に使用中ではないですか？
一度、登録されているプリンタが使っているポートを全て確認した方が良いと思います。

あと、サーバーが停止できないという話でしたが、深夜や早朝でもダメですか？タスクスケジューラに再起動コマンドを仕込んでスケジュール実行してみてはどうでしょうか。

そうなんです、このサーバー、調べてみたらＤＨＣＰも仕込まれていました。
既に、デバイスも撤去されており、サーバ上ではプリンタリストからも削除されていたので、
そこで、クライアントからのミスプリントのリクエストが届きまくっている状態にあった為、削除できない状態のようでした。
そこで、削除不可能と判断して、
一旦プリントサービスを停める事になりますが、Print spoolerサービスを停止してからポートの削除が全て可能になりました。（所要時間2分程度）
これで、新しいプリンタを追加する事が出来るようになりました。
ご解答下さいましてありがとうございました。