アドバイスではなく、参考資料の紹介です。私もこれから試そうと考えていたところです。

その知識、ホントに正しい？ Windowsにまつわる都市伝説（49）：企業クライアントPCのイメージ展開／自動展開、Sysprep＋応答ファイルはもう古い？ (1/3) - ＠IT
http://www.atmarkit.co.jp/ait/spv/1601/22/news033.html

Windows 10 (バージョン 1511) における Sysprep 実行時の注意点 | Ask CORE
https://blogs.technet.microsoft.com/askcorejp/2015/12/20/windows-10-1511-sysprep/

ご指摘のとおり、ストアアプリが入っているPCをsysprep化することはできません。

対策として、①インターネットにつながないで作成する②グループポリシーでストアアプリが入らないようにした状態で作成する、の二つがありますが、
①は、インターネットにつながない状態ではインストールできないソフトがある（office365など）という理由で、必要なアプリまで入った完全な形でのsysprep化はできませんでした。
②ですが、今年に入ってwin10Proのエディションでは、グループポリシーでストアアプリの配信を停止することができなくなったようです。Enterprise版ではできるんですが…
上記の理由で、従来のようなsysprep化によるイメージの作成はあきらめました。

というわけで、今はプロビジョニングのやり方をいろいろテストしています。（資料少ないです泣）
ドメイン参加の有無やアカウントの設定を後付けで行うppkgファイルは簡単に作れます。所要時間10分ほどです。
ICDツールを使ってプロビジョニングパッケージを作成し、すでにOSをインストールしたPCに適用するというやり方です。OEMのPCに適用することができます。

上記の設定に加え、アプリケーションやWindowsUpdateのファイルを含めたパッケージは、同じくICDツールを使用して作りますが、OSのinstall.wimファイルを元に作ったブートディスクを作るほかないのかな…という感じです。（アプリ入りのppkgファイルを作ることはできましたが、ドライバーのエラーで適用できませんでした。それができたらやり方を教えてほしい；）

以下を参考にしました。
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/windows/hardware/dn916105(v=vs.85).aspx
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/windows/hardware/dn916109%28v=vs.85%29.aspx?f=255&MSPPError=-2147217396#to_add_a_language_pack
https://www.youtube.com/watch?v=UnUpz8XPGuI

すみません2個目のURL、コピペミスですね
正しくは、以下のページです
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/windows/hardware/dn916109%28v=vs.85%29.aspx

キッティングを始めて苦節４ヶ月
苦労の連続が未だに続いていますが
何とかローテクで凌いてやってます。

ハマったのは、ストアアプリとpdfですね。

プロビジョニングの存在を知らずにsysprepをしたら
起動した途端に拡張子がってなるので
powershelll で消しまくりました。

消したいアプリに対して
get-appxpackage get-appxprovisonedpackage を
セットで使用しました。

pdfは、何故かedgeがやたらに関連付けを変えるので
sysprep直前に既定のプログラムの設定を変更後
dismで関連付けをエクスポートします。
edgeの手出しが無ければ、やらなくてもいいのですが。