がんばってください。
ファイル二つ三つにわけるしかないような気もしますが・・・。

システム屋とか情報をメイン扱っている会社ほど紙ベースが意外と多いのは面白いですね～。
可能ならPDF化しちゃいましょ～。

かなりの分量ですね。ファイリングしても持つのが重そうです。
どのような申請書か分かりませんが、A4用紙と仮定すると、パイプ式ファイルの綴じ厚80mmタイプなら、カタログ上はA4用紙で800枚可能となっていますので、対応できるのではないでしょうか？
穴開けは、電動式のペーパードリルを使用すれば、500枚でもずれずに、簡単に穴をあけられます。
でも、用紙のサイズがまちまちだとファイリングしても後で探すのが大変ですし、小分けにするか、思い切って箱にドバーン入れてしまう方がすっきりしますけれども。
頑張ってください。

ホールド　って　どういう意味？
保管する　という意味ですか？
　紙で来た申請書なら　パイプファイルに順次綴じこんでいけばいい
　パイプファイルがいっぱいになったら2冊目を作ればいい

ウチは申請書はワークフローで来るのですが　最後は印刷してパイプファイルに順次綴じこんでいます　月ごとに仕切り紙を差し込んでいます　大規模組織変更があると３００件になることがありますがその時は４分割両面印刷で枚数を抑えます
PDFも取ってあって月ごとのフォルダに保管してあります
Excelで一覧がありそれをみれば　件名からそれとわかれば何月の何枚目に綴じてあるかがわかるので紙でもPDFでも一発で見つけることができるようになっています
紙の保管期間は「申請された件が終了（異動や退職で現状とは異なる状態）になってから５年」と決めていますが　終了したかどうか判定するのも面倒なので今のところ全部保管しています　２ｍ×１ｍくらいのロッカー1つ分になっています　

いいわすれたけど
ウチの経理は　紙の伝票を　黒紐で３００枚くらいまでは一冊に綴じてます
　（国税の調査のために絶対保管しなければならないのですが　最近は国税も電子データを見るだけで紙の伝票を見たことはありません　でも　調査のための部屋には２０箱くらいの紙の伝票を積み上げておきます）

500枚を「保存だけすればいい」のなら紐で綴じる　のもありかな　と

だからぁ　ホールド　の意味が分かんねえよ
　「第二戦闘配備中である　不明瞭な会話はやめよ」だな