先日、解決はしましたが原因が分からないため投稿します。

<状況>
・ユーザーのデスクトップの勤怠システムへのショートカットやExcelファイルアイコンなど種類はバラバラの5つだけ白くなっている。
・その他のExcelファイルなどやファイルサーバー、別システムへのショートカットアイコンは問題ない
・事象が発生したのは1台だけ。
・共有で利用しているため、前日に休日出社された他の方が使用した可能性もある。
・何度も再起動したが改善しない

<対応>
・ウィルス感染を疑い、ネットワークから切断
→この時点で、問題の5つのアイコン表示が元に戻る
・念のためSymantec Endpoint ProtectionでC,Dドライブのウィルススキャンを実施
→ウィルス検知0だったため、ネットワークに繋いでみる
・通常通り、勤怠システムやExcelファイルなど開けることを確認

ファイルを開こうとしたときに出たエラーのメモが無いため、原因が分かりません。

WindowsUpdateで長期間使用していないアイコンが消えるという話を聞きましたが、勤怠システムのショートカットは出退勤時に使うため、他の原因かと思います。
もしわかる方がいらっしゃいましたら、教えていただきたいです。