このEFSに関してはファイル単位の暗号化と思われます。
この場合、EFSを掛けていないフォルダ、ファイルの場合
覗けてしまいます。

私が所属していた会社では「Pointsec」を使用していました。
このソフトウェアはHDD全体を暗号化します。
たとえHDDをPCから抜いたとしても、中を覗くことはできません。

OS起動前にPointsec用のIDとパスワードを求められるので、
セキュリティが非常に高いです。

私の会社では社外に持ち出すパソコンは決められていて、それには「秘文」がインストールされています。
これはハードディスク全体を暗号化するものです。
盗難にあってハードディスクを抜き取られてもアクセスするにはユーザとパスワードが必要となります。
ですから中身を見られる心配はありません。

No.1621 持出し可能なノートPCのセキュリティ対策って・・・
も参考にどうぞ

そこにも書きましたが

暗号化ソフトですがウチでは有名な「秘文」を使っています。
日立ソフトが販売しています。が実はコメント（２）さんのと同じ
Ｐｏｉｎｔｓｅｃです。それを「秘文」という名前で販売しているだけのことです。
なのです

お疲れ様です。

弊社では、持ち出しPCは原則、Bitlokerで暗号化しています。
PCがすべてWindows7かVistaでEnterpriseのライセンスを保有しているため、そちらの機能を使っています。

OS標準ですので、無料ではあるのですがいくつか制約があります。

・OSがWindows Vistaもしくは7で、Enterprise以上のライセンスが必要
・TPM(SecurityChip)が搭載されていない場合は、別途USBメモリー等の
　暗号キーを保存するメディアを起動時にさして読み込ませる必要がある。

という、ちょっと新しめの機器でないと対応できない部分がありますが、OS標準で出来ますし、ディスク丸ごとの暗号化（7からはフラッシュメモリー等の暗号化も可能のようです）ですから、セキュリティ面の心配は軽減されると思います。
（弊社は、BIOSのHDDロック＋bitlokerを使っています）