業務マニュアル作成ツール
というものはありませんが
画面の画像を取り込むのなら
フリーソフトの　ｗｉｎｓｈｏｔ　を使っています

部分的な切り出しも出来るので便利です。
　（［クリップボード］［矩形範囲指定］をよく使います）

「Dojo」なんてどうでしょうか。
国際展示場で開催された展示会で見て、すごいと思いました。キーボードやマウスの動作（イベント）を拾って、マニュアルを生成をしてくれます。
デモを見ては如何でしょうか。

お疲れ様です。

マニュアルをどれくらいの完成度にするかというので結構変わってくるかと思います。
やはり製本になるようなレベルになると画像の加工も必要になってくると思いますので、ハードコピーをとった後に手動で変更を入れる必要があるかと思います。

マニュアル作成では、やはりdojoが有名ですが、価格的にはあまり手頃ではないですね・・・。

弊社ではPaintShopProでハードコピーをとるだけとってあとから編集していましたが、こちらも有償ソフトですので、最近は、「HardCopy」という、ハードコピーを一括フォルダー保存／プリンターへ印刷機能を持つソフトを使いとりあえず、ハードコピーをbmpに落とすだけ落としてあとから加工しています。

弊社では、教育の現場では、先生機の画面をプロジェクターに出して、それと同じ操作をユーザーにさせ、ユーザーが大事と思ったところで、ユーザーの画面を上記の「HardCopy」ソフトを利用してプリントアウトさせ、自分でその印刷されたハードコピーに記述して自分自身で教科書を作る方法で、教育を行うケースがあります。
（ハードコピーを伴わない座学は、Word等で資料を渡します）

根本解決ではないですし、印刷コストもかかりますが、なにせ自分でやるので、追いついているかどうか等がわかりやすく、落ちこぼれを探しやすいので、落ちこぼれを作りにくいことや、マニュアルの作成コストの削減、講習後の習得率の高さからこのパターンを積極採用しています。

※ペーパーレベルでの講習では少々難しいですね。
　あくまでも、集合教育の場合です。

自分たちで試した訳ではありませんが、他部署からの調査依頼を受けて調べた事があります。（自分たちでも使わないといけませんが）

有償の製品では「ビューレットビルダー」が使いやすそうでした。他には、「Adobe Captivate（RoboDemoの後継らしい）」や「HyperSnap 日本語版」もありました。

無償では、「クリックキャプチャー」がマニュアル作成に便利そうでした。他には、「窓フォト」「：Capture STAFF - Light」も使えそうでした。（静止画限定）

あとは、発想を変えて「操作画面をすべて記録しておいて、少し編集して動画マニュアルとする」とかでしょうか？
その用途で使えそうな「Bandicam」を紹介いたしますが、他にも色々あると思います。

自分で使っていないので、説得力がありませんが、少しでも参考になれば幸いです。

らー麺さま

スクリーンキャプチャソフトとして、当方では「すくりん」というフリーソフトを使っています。
シンプルで使いやすいです。