私も　icacls　でファイルが混じり込むのは困ったな　と思ったものです

仕方がないので　結果をＥｘｃｅｌに取り込んで　「名前に　．　があればファイル　なければフォルダ」と判定して　ファイルを除外しました　それをＶＢＡに組みました
（ＶＢＡは長くなるのでここには載せませんが　　結果をテキストで取り込む。　列を挿入　ドライブはU:\　と決めてるので行の頭が　U:\　だったらそこから次の　U:\　が出るまでは挿入した列に　ファイル名（といってもそのセル全体）をコピー。　そこに　．　が含まれたら削除対象　．．．　という具合です）
でも、これですと　フォルダ名に　．をつけられると　ダメですけどね（そこはルールで縛る）　逆に拡張子のないファイルもダメですけどね。　　まぁ　完璧には行かないっす。

もっといい方法があったら教えてくださいな。

desatoさん
ありがとうございます。
やっぱり個々の指定除外以外に方法ってないんですね。
自分も考えたのですが、ファイルを対象に絞り　拡張子比較などしてから除外するなどできるかもしれませんのでちょっと独自に探してみることにします。

icaclsを組み合わせての方法はやっぱりダメでした。
以下のコマンドレットで取れたので一応載せておきます。

Get-Childitem "C:\" -recurse | Where-Object {$_.Attributes -match "Directory"} | Get-acl | Out-File -FilePath D:\AccessRight.csv

"C:\" 　は取得先PATH
D:\　はテキスト化した権限CSVを保存するPATH

詳細説明
Get-Childitem　＝　対象PATHのファイル・ディレクトリを取得
Where-Object　＝　Get-childitemの取得結果からディレクトリに対象を限定
Get-ACL　＝　Where-Objectから取得したディレクトリ権限を抽出
Out-File　＝　処理内容をCSV書き出す