完全に理解したわけではありませんが

（１）請求額（＝売上金額）を確定するまでは経理の介入をやめたらどうでしょうか

（２）請求額を確定する方法は相手があることなので

　　　　営業の責任で交渉させ確定まで持っていく

　　　　交渉は電話でもメールでもなんでもいい（相手の担当次第）　

　　　　最終決定（請求額確定）の証拠は営業側で持つ（書式はなんでもいいがファイル形式はたとえばPDFに統一）

（３）請求額が確定したらその金額で Salesforce　で　売上し、請求し、入金管理、残高管理を行う

とすれば　システム的にはなにも変更なし　で対応できます

（会社によっては”請求（＝回収）は経理の仕事”というところもあるかもしれませんが、それでも”売上金額（＝請求額）を確定してからじゃないと経理は動かない”にすればよいでしょう。 ）

ともすると「売上金額と請求額は違うんだよ　値引きがあるし」と言う輩がいるかもしれませんが、そこはビシっと「売上金額＝請求額でやってもらいます」と指導します。

請求額（＝売上金額）が確定してからじゃないと”経理は担当しない”にすれば 請求額、売上金額は営業部門責任となり責任がはっきりします。　もし支払条件や資金繰りの関係で経理が情報を欲しいならそれは売上部門に提出させるようにします。

”確定以後しか経理が担当しない” にすることで、相手がネット販売だろうが手形取引だろうが同じ仕組みでやれるでしょう（勿論、支払方法の違いは対応しないといけませんが、それは今でも対応しているはずですね。）

プロジェクト管理システム　が　どんなものなのかわかっていませんが

それは　社内に開発チームAと開発チームBがあり、今回の売上１００万円は開発チームAが３０万、開発チームBが７０万の貢献をしたので、貢献度に基づいて各チームの利益配分（または評価配分）をしたい。ということでしょうか？　　そこに相手会社の請求額と、なにか関係がありますか？　（普通は利益配分なんていうことは相手の会社には関係のないことですね）

プロジェクト管理システムが上記のような”管理会計”的なものでしたら売上・請求の仕組みから外してしまう方がよいように思います。

知らない会社の中身はなかなか理解できないところがあるので「齟齬が発生するかもしれない」です。不明や間違いがあればご指摘ください。

質問です

「①【Salesforce】(売上情報管理)に営業が売上実績を入力 」で　この売上実績金額と請求金額が違うことがあるのでしょうか？

「⑥【プロジェクト管理システム】営業から明細部分の修正依頼(明細の項目をまとめる・分割する等)」は相手の会社に なにか かかわってくること がありますか？

「⑤～⑦を繰り返す」で相手の会社から「請求書（仮）をもらったけれど、ここのところが違うので修正してほしい」という要求があるのでしょうか？

請求書には請求内容（このネット広告でいくら、あのネット広告でいくら）を載せなければならないでしょうか？　（請求書は請求金額だけではいけませんか？）

よろしくお願いします