私もそんなに経験があるわけではないですが．．．

最初の段階では　絵コンテ　を書いて（じゃなくて”描いて”）しっかりこちらの意思を伝えます。

　文章や言葉では伝わらないことがママあります。　言葉の理解がこっちとあっちでは違うことがあったりしますす。

例　「ここには動画を入れてください」というので動画を配置して準備したら相手が「こんなのじゃない」と言い出して．．．　よく話を聞いたら”アニメーションGIF（同じ動きを繰り返す画像）”のことでした。

「絵コンテ」は漫画（を映画化するとき）に使われます。絵心（えごころ）の無い者には難しいのですが、Webの話くらいなら問題はないでしょう。　大切なのは

「ここは絵が動くのですよ」　「ここをクリックするとこっちの場面に飛ぶのですよ」が　しっかり伝わることです。
そのあとはプロトタイピング（試作品）を作ってもらって、それを基に細かいところを詰めていきます。

最初の絵コンテのところがちゃんと伝わっていれば、プロトタイピングはほぼ”当初思っていたイメージ通り”のものができるはずです。（そこで相違があるのは絵コンテでの説明がうまく伝わっていないということです）

プロトタイピングを見ると「ここはこうすればよかった」「ああしたほうがよくなる」が思いつきますからそれを”やるのかどうかも含めて”相手と検討します。　（ここで「ああしたほうがよくなる」を押し付けると「それじゃ製作費が高くなるので追加料金をください」になることがあるので場合によってはあきらめます）

プロトタイピングができたらなるべく大勢の人に見てもらうことです。　この時に「社長だけにみてもらう」ではダメで、「SNSなんかをやっているＯ嬢」とか「ゲームおたくと言われているＢ君」にも見てもらいます。（大抵は「社長に見てもらった」は役にたちません hi）　これを何回かやると「Ｏ嬢の指摘は的を得ている」とか「Ｂ君の意見は専門的すぎて使えない」とかの傾向がわかるので次回は”役立たず”は外します。

出来上がって仮の環境、本番環境ができたら、自分ですべてのリンクをクリックして確かめましょう。　よくあるのが仮の環境ではよかったのに、本番環境ではリンクをクリックしたら仮の環境に飛んで行ってしまった、というものです。

取り急ぎ、ECサイトとしての要求はまとめていらっしゃいますか？
その要件をもとに提案依頼を行い、提案書に関して、質問をしていった方が良いかと思います。
要件のまとめ方と提案書に記載しておいてほしいことはざっくりまとめてみました。

要件がまとめられないということであればそれをまとめるための情報収集として
広告、制作それぞれで２、３社にあって質問をしていくとよいと思います。

・要件
　自社のビジネスモデル
　ECサイト構築の狙い（楽天、Amazonなどのモールではなく、なぜ自社構築するのか、など）
　1年後～3年or5年後の目標（おそらくECサイト売上でしょうが直近の集客目標などは決めておいた方がよいです）
　こだわりポイントや参考サイト（初期は広告を使うと思いますがSEOをどうするのか、UIとしては〇〇サイトのようにしたいなど）
　必要な決済手段（銀行振込、クレジット、代引き、Amazon・楽天などのペイメントサービス）
　予算（集客(広告)と開発でおおよそ分けておく）
　依頼事項（以下の業者それぞれへの依頼事項）
　制約事項（広告は〇〇を使ってほしい・使ってほしくない、開発では既存環境に合わせて〇〇をつかってほしい、など）
　自社の開発推進の体制（オーナー、窓口、作業者など）

・広告会社への提案依頼
　集客の戦略(1年～3年or5年後までの大まかな広告施策)
　1年後の具体的な目標数値および予算
　発注者・制作会社への依頼事項あれば（分析ツールのタグや広告タグの埋め込み）
　体制・会議体
　見積

・制作会社への提案依頼
　ECサイトのコンセプト(要件定義、デザインから依頼するのであれば必須。要件定義・デザインを自社でやるのであれば依頼内容の方のこだわりポイントの部分でしっかりとまとめておくこと)
　機能概要（開発する機能の概要）
　開発スケジュール（発注者側の作業として何があるのかを明確に）
　発注者・広告会社への依頼事項あれば
　体制・会議体
　保守・運用の範囲
　見積（開発と保守・運用それぞれ）