追伸です。
遅くなるのはインターネットで、社内のファイルサーバへのアクセスは問題ございません。
よろしくお願いします！

事象が全社的に発生しているのか、一部の島だけで発生しているのかが最初の判断基準になります。

全社的に発生しているのであれば、島ハブからルータまでの各機器に直接PCをつないで、どこで遅くなっているかを見極める、というのはいかがでしょうか。

「不定期に」とありますが、実際は曜日や時間といった何かしらの法則があるかもしれません。
Zabbix などの無料で使える監視ソフトを入れて、ネットワーク機器のデータ通信量を取ってみるというのも傾向をつかむためには良いかもしれません。

以上、ご参考になれば幸いです。

参考になるかどうかわかりませんが、

以前、ＡＷＳとCISCOのVPNルータの間で速度が著しく低下することがある事象を経験したことがあります。

このケースでは、CISCOの新ルータの設定が足りなかったという結論でした。

機器設定も確認するのも如何でしょうか。

弊社も同じ現象で悩まされていました。同じくNTTに調査依頼したものの、工業地帯、かつ、ベストエフォートなので・・という回答でした。
現象が発生している状況で直接基地局内で調査してもらったのですが、
原因は分からず・・でした。
結局、原因は不明なまま「隼」に乗り換えることで改善され終わりました。
こんな感じだったので正直、基地局側はホントに大丈夫なの？と邪推してしまいますね。

改善されたのは良かったのですが、1年ほどたった現在、当時ほどと言えないまでも遅くなる時がまた発生し始めました。
不思議なのが、外部サイトへの接続は遅いのに、インターネットVPNである社内は遅くならないことですよね。
単純にハブの過負荷や回線自体の負荷とは言い切れないのが難しいです。
進捗としては弊社でも原因を探っているところです。

乱暴な方法としては　「遅くなったな」という時にルータの線を抜いてしまう
そのときに文句を言ってきたものが犯人かも　（「SNSに動画をアップしていたんだよ」とかね）

まぁ冗談はさておき
ウチでは　某アンチウィルスソフトを使っていましたが、１時間ごとにそのソフトの管理サーバ（ウィルスデータの配布を行っている）からとてつもないインターネットへのアクセスがありました。当時の情シス員はそれを解決できずに「インターネットが切れるわけではないのでいいんじゃないですか」などと悠長な事を言うので叱りとばしました　（原因は管理サーバのソフトが古く、ウィルスデータの更新に失敗していたためでした）
私がそれを判ったのはインターネットへのアクセスログを収集していたからですが、当の情シス員はそれさえもやっていませんでした。）
インターネットへのアクセスログもしくはトラフィックをグラフにすると何かわかるかもしれませんね

Windows Updateやウイルスパターン配信で遅い可能性もありますね。

切り分けするのであれば、上流の機器にケーブル差し替えていけば分る。

＞ばっつさん
＞不思議なのが、外部サイトへの接続は遅いのに、インターネットVPNである社内は遅くならないことですよね。

外部サイトへの接続が遅いのは、Proxyが影響する事もありますよ。外部要因だと拠点間の経路も遅延には関係しますしね。（拠点間はプロバイダー同じだったり、要因はあるのではないでしょうか）

いろんな意見がありそうですが私なら次なプローチを取る気がします。
①Fortigateを調べる
②通信経路を特定する
③経路上の機器を調べる
④ハブを別のものと交換（もし使っていれば）
⑤LANケーブルを交換
⑥クライアントPCの調査

FortigateのIPSやアンチウィルスが有効だとスループットが下がるのでもし可能なら無効して変化がないか調べると良いと思います。カタログ値だと IPSが200Mbps、アンチウィルスは 30/50 Mbps だそうです。また Fortigateの管理画面でCPU負荷や、帯域を使い潰している通信が無いか 外部からの攻撃（Ddos攻撃や大量のスキャニング）がないかなど合わせて確認すると良いと思います。

LAN内に問題がある場合は、インターネット接続に限らず遅延が起きると思いますので 通信経路を特定して 経路上のものを調べる必要があります。ある程度の規模以上のLANだと、経路を特定するのが大変だと思いますので、Smokeping のようなツールでモニタリングするのが良いと思います。 ツールが使えない場合は、現象が出ている時にどこからどのへの通信が遅延してるか Ping や Httpで調べるしか無いかなという気がします。スイッチでポートをミラーして、パケットアナライザーでログを取るのも原因特定に役立つ可能性があります。

経路が特定できたら経路上の機器のログやステータスを確認して 故障がないか調べます。もしインターフェースのエラーやCRCのカウンタが増えていたら怪しいです。その機器に問題がなければ対向の機器が怪しいです。ケーブル、メディアコンバータ、ハブなどが原因の可能性があります。可能であれば別のものと交換してみて変化がないか調べるのも良いと思います。

最後はクライアントPCですが、オンラインストレージと同期させたりしてると遅くなるので インストールしてるアプリを見て、インターネットセキュリティを無効化したり、セーフモードで試したりして 変化がないか調べます。

同じような事象の時にファームウェアのアップデートで改善したことがあります。

セキュリティエンジニアです。

社内で利用しているクライアント台数（PCだけでなく、複合機、サーバ、アクセスポイントや繋がってるスマホ等のスマートデバイス）はいかがでしょうか？ 利用しているUTM（forti）の推奨利用台数に納まっていますでしょうか？

UTMで全ての機能は使っていますか？FW,IPS,アンチウィルス,アプリケーションコントロール,アンチスパム等。UTMで全ての機能を使っている場合はスループットが下がりますので、利用環境に合わせてサイジングが適切かを確認しましょう。UTMの場合チューニングや、ファームウェアによっても変わってきます。一部機能を一時的に切ったり、ルーターにネットワークを直結すると結果が出るでしょう。（その間セキュリティレベルは低下しますのでご注意ください）

投稿主です。

みなさん、この短時間にたくさんのアドバイスや経験談などをいただき、本当にありがとうございます。
同じような現象で今まさに悩まれている方もいらっしゃり、励まされました。

不定期に発生し、その現象にもムラがあるというところで、まずは社内からのネットワークトラフィックにフォーカスをあてて調査してみたいと考えました。
そこでひとまずは、Fortiでトラフィックのログを取るということをしてみたいと考えています。
ただ、Fortiを導入したのが前任者で、私自身あまりよくわかっていない状況の為、書籍を購入してやってみたいと思います。

また進展がありましたら共有させていただきます。

ナイス笑顔さん
アドバイス頂き、ありがとうございます。
弊社ではProxyは使用していないため、ウィルスソフト等が怪しそうです。
色々な意見が拝見できましたので、私も参考にさせて頂いて原因を絞っていこうと思います。
進展がありましたら、共有させて頂きます。

Fortigate60Cを使用していた私の担当先でも同様の事象がありました。
遅くなるときは決まって、Fortigateのメモリー使用率が100%近くではりついていました。
暫定的にはFortigate再起動で解消、恒久対応としてファームウェアをアップデートしてからは発生していません。

Fortigate60Cを使用していた私の担当先でも同様の事象がありました。
遅くなるときは決まって、Fortigateのメモリー使用率が100%近くではりついていました。
暫定的にはFortigate再起動で解消、恒久対応としてファームウェアをアップデートしてからは発生していません。

御社内でWEBサーバ、特にWordpressでWEBやブログの公開はされておりますでしょうか。（テスト用、開発中も含む）
WEB公開をされている場合、ファイヤーウォール機器は通過するのでログ等も不審なものは残らないと思われます。

Wordpressは攻撃を受けやすく、攻撃を受けている間は攻撃者とWEBサーバーの応答の通信で帯域が占拠されるため、遅く感じると思います。
該当した場合はWordpressの簡単なセキュリティ対策で改善が見込めると思います。

遅くなるのはインターネットで、社内のファイルサーバへのアクセスは問題ございません。

というのであれば　やっぱりインターネットの出口でログ（というかトラフィック監視）がほしいですね。
前述のように　私はトラフィック監視でアンチウィルスソフトの不具合でとてつもないトラフィックが発生しているのを見つけました。　（だからといって今回もそれが原因です　というとではありません）

私の後任の後任なんか「トラフィック監視？　そんなものやらなくてもいいですよ　今は前の回線の１０倍ですから、多少、データが増えたって止まりはしないですよ」などと言っています。　でも、監視していないと”突然、パンク”ですから怖いです。（と言っても理解しない）

ハードウエアトラブルではないでしょうか？。
ハードウエアトラブルに見舞われると動作が不安定になります。

社内全域に５分毎にPINGして、その結果をグラフ化する
ツールを自作してチェックしてました。すると、ファイアウオールで
PINGがボロボロだった経験があります。普通にインターネットは
できても、時折ひどく遅くなったりしました。
日々ログを取ってグラフ化してれば傾向が見えてきます。

なお、インターネットは午後６時前後が一番重いときです。
第二週目の水曜日はWindowsUpdateの日でやはり重いときです。
まさか不定期でDos攻撃を仕掛けられてる？
また、メールサーバーを社内においてる場合は、スパムの嵐を
避けるための設定が不可避ですね。

問題が起きたときに、以下のいずれか一つだけを再起動し
ハードウエアのトラブルでないことを確認したほうが
いいかもしれません。
どっちにしてもインターネットに接続できないなら、
運用中に電源を切っても問題ないでしょう。

１．VG8301ゲートウェイ装置SX「1」
２．Fortigate FGT60D
３．ONU（GE-ONU）

またUSENのスピードテストだけで判断するのは、ちょっと疑問です。
大阪、東京、仙台、九州あたりにあるスピードテスト（サーバー）で
チェックできたら信頼性ある確認ができると思われます。

ボトルネックの可能性として、フレッツ網内にある PPPoE の終端装置がボトルネックになっているため遅くなることがあるそうです。NTTではなくプロバイダに問い合わせてみると改善があるかもしれません。

ご参考）http://techlog.iij.ad.jp/archives/1879