情報システム管理者の私の権限で決めてました。　結局は誰かが決めるしかありませんが、素人が決めれることでもないので私しかできなかったです。（私だけでなく歴代の責任者もそうでした）

もちろん、反対意見とかはありますが、そんなのはねじ伏せました（というといい方が乱暴ですが、そうでもしないと先にはすすめません）

例　業務の効率化を目指してあたらしい仕組みのシステムを作ることとなった。理論的な裏付けは数年前から実感しており、「この仕組みなら効率よくできる」という自信もあった。

が、腰銀着野郎が「経営に役立つ資料を作成するほうを優先すべきだ」と言い出した。

そこで「経営に役立つ資料ってなんですか？　そういう資料はすでに出していると思いますけど．．．」と言ったら、「あんなものは役にたたない。これを見てどう決定しろというんだ？」というので「それを決定するのが経営者でしょう　必要な資料はいくらでも作れますが、コンピュータは「決定はしてくれません」よ」と言ったら黙ってしまった。（腰銀着野郎は経営層ではなくただの係長です）

でこちらのもくろみ通りにシステム開発に取り組むことができた。（もちろん、役員会の決定などはやってますよ。）

真っ先にやることは、コンセプトというか、目的を決めることを決めることですね。

何を実現するのか？目的はなにか？を決めれば自ずとやるべきことは決まると思います。

そこが決まると、「やらないこと」を決められるというのが大きいでしょうか。

ご質問されている方のケースを考えると、仮に業務効率化なのであれば、内部統制に関することはやらない、ことになります。

やらないというのは語弊はありますが、プライオリティは下げることになります。
いっそやらない、ぐらいにしてししまう感じでしょうか。

仮に下げられない、のであれば、実現しようとしていることが定まっていないと思いますね。
目的から考え直したほうがいいです。

次に、意思決定者を決めることです。

システムを作ろうとすると、あーでもない、こーでもないと意見は出てくるものです。

その要望を聞き、それを決めるのは誰なのか？の合意形成をすることです。

決めることができるので、その権限と責任を釣り合いを取るためにも、決める人はその結果責任も持つということです。

この辺りの決めごとができると議論はすんなり進んでいくと思います。

正論に聞こえるかもしれませんが、私はこの辺をにぎる事から始めています。