ウチのメールサーバがOffice365からGmailに変わった時に「古いメールは移行されないので自分で移動してください」というアナウンスがあったので、その指示通りにしたらどっさりとメールが重複してしまったのです。
原因は「指示に間違いあり」だったのですが何十万件から重複メールを消すのは大変なので、Outlookのマクロで作りました。 ソースを公開するのは恥ずかしい（試行錯誤の後がありありと見える）のでコメント文だけ掲げます
20171228：判定にメールIDと本文を追加し受信時間は削除、削除後にカウンタを減らす・ループから抜ける
'機能：Ｏｕｔｌｏｏｋでポインタのあるフォルダについて 重複メールを削除する
'受信日時順にソートしておく
'フォルダが間違いないか 念のため総件数を出して確認させる
'メール以外の予定表やタスクが混在しているときはエラーで止まらなくする
'メールを１からコンテンツ数までみてゆく
'重複を探すのを５個までにする
'最後のほうは５個もないから最後までとする
'５個か最後か小さい方をJendにセットする
'カウントがちょうどならイミディエイトに表示する
'メールじゃないなら パスする
'メールID、送信者アドレス、件名、本文がおなじなら削除対象にする
'アイテムの削除
'削除数カウントを＋１する
‘ アイテムを削除したので、再取得及び再ソート
' ループのカウンタを１減らす
' ループから抜ける
・くりかえし
’MsgBox "終わりました " & 削除数カウント & "個消しました"
desatoさん
その指示通りにしたらどっさりとメールが重複してしまったのです。
やっぱり、現場で起きる重複といったらこちらですよね。
Outlookマクロで対応されたんですね。
ここにもマクロでの対応方法の記事がありました。
動作検証の必要があると思いますが、参考になるかと思います。
引用：重複したメールを削除するマクロ _ Outlook 研究所
MessageIDで判断するのはよさそうな気がします。
お役に立ちましたか？他にもたくさんの ノウハウが共有されています。
PC移行時にpstファイルをOutlook2010に読み込んだらメールが重複した。
と、ユーザーから問い合わせ。
おそらく何かしらしたんだと思いますが、詳細は不明。
最終的に「気になったら消していくから大丈夫」ということで終わりました。
（新規メールの重複は発生していないため）
「Outlook 重複 メール 削除」で検索すると
MSコミュニティの記事が引っかかります。
※syszoの過去投稿もありました。
今回調べてみてわかりましたが、
「重複」には2つのパターンがあるみたいです。
1.まったく同じメールが重複して存在している
→今回起きたパターン
2.メールのスレッド内に同じメッセージが重複して存在している
→Outlookのクリーンアップで対応可能なパターン
たぶんですが、情シスに問い合わせが来るのは1が多いのではないかと思いますが、
1の事象をOutlookの機能でサクッと削除する方法はなさそうな感じです。
1の重複メールを消す場合は専用のアドインを使ったらできそうです。
引用：outlook2010で重複メールの削除 - マイクロソフト コミュニティ
マイクロソフトサポートの方が回答しているのでおそらく正解なのだと思います。
ただし、「自己責任のうえで利用してくださいね」と一文が追加されていました。
今度、発生したら試してみようと思います。テストしてから。