お疲れ様です。

用件が少々わからないところがあるのですが、
WEBシステムのサーバーサイドのプログラムを、IIS+.NET(VB.NET or C#)で構築しているというわけでしょうか？

もしそうであれば、基本画面側に意図的にVBScriptやJScriptなどIE固有でないと動作しないスクリプトを書かない限りは、多少の動きの差はあっても、Safariでもある程度は動作するような気がします。

ただし、画面サイドにVBScriptを埋め込まれていれば、これはWindows版のIE固有でしか基本的に動作をしないため、その部分の作り替えが発生すると思われます。

最近でこそ、JavaScriptのライブラリの充実化とCSS3の出現によりブラウザによっての表現の差が出にくくなってきましたが、5年以上前ですとクロスブラウザー（複数のインターネットブラウザーを利用）が意識されていないケースもありますので、その場合は、やはりプログラム側の回収が必要になると思われます。