操作ログは膨大になるので、ログを取得できたとしても解析が難しいかと。

そして経験上、ファイル名やフォルダ名に半角かな文字(半角カタカナ）が使われていると
消失しやすい気がしてます。

現在でもメールソフト内でファイルのアドレスを<>でくくるとリンクになりますが、
半角かな文字は全角に変換されリンクができなくなります。
ファイルシステム内でファイルの位置情報を記録する際にそういった事が行われ、
それが理由でシステムはそのアドレスをが分からなくなってしまうとの解説記事を
WindowsNT時代に見た覚えがあります。

また、消失ではなく近くの別フォルダに移動している事もあります。これはマウスの誤操作
によって引き起こされる可能性が高く、特に意図しない操作になりがちなタッチパッドが
原因ですね。

さぼさぼさんの環境ではいかがでしょうか？

ご回答ありがとうございます。
ログを取得しても膨大かつ解析が難しいのですね。
ノートPCはありますが、ファイルサーバーをほとんど利用されないユーザーさんです。

ひとまず対象の部署でNASを購入することになりました。
こちらで様子を見つつ、ファイルサーバーリプレイスをする予定です。

ありがとうございました。

勝手に消えるということはないでしょうね。

・アンチウィルスソフトによって検知され削除された
・誰かが消した
・アクセス権限がなくなって見えなくなった
・ランサムウェアなどの被害で消された（もしくは見えなくなった）

といったのが思いつきます。
老朽化が原因で消えるというのは聞いたことありません（老朽化が原因で「消せなくなる」というのでしたらありましたが…）

類似の事象としては、DFSRの衝突問題で、修正したはずのファイルから 修正内容が消えたというのは何度かあります。（ファイル自体は消えてない）