ヨソ様の書いた記事ですが、ちょいと調べたら以下のような情報がヒットしました。
http://todaylookup.blogspot.com/2011/05/thunderbirdtips.html

おそらくその Join というアドオンも裏側でこういうことをしてたんでしょう。ある程度詳しい人にとってはたいした手間じゃないんですが、これをユーザー一人一人に「やれ」というのはちょっと難しいかもしれませんね。自分だったら…保存すべきフォルダを決め、自動で結合するバッチをとかを作って、ユーザーにはそれを実行してもらうという形にしてしまうと思います。Thunderbird のインターフェース内ですべて済ませられないのは美しくないですけれど…。