ちょっと曖昧すぎて答えようがないのですが．．．
私はＯｕｔｌｏｏｋを使っていて仕事に関しては「予定表」「仕事」を使い倒しています。メールで仕事が来ればそのメールを「予定表」か「仕事」に転送するか、メールそのものにアラームを掛けます（Ｏｕｔｌｏｏｋではそういうことが出来ます）、いずれの場合もそのときがくればアラームが表示されるのでそこからその仕事に取りかかります（よってアラーム時刻は仕事開始の時にします）。仕事を電話でうけてもすぐに「予定表」「仕事」どちらかには入れます。　席に居るときはＯｕｔｌｏｏｋが使えますが、たとえば来客の時はＯｕｔｌｏｏｋが使えないので「予定表」を紙に印刷したものを持っていて”次のアポ取り”はそれを見て行います。もちろん席に戻ったらすぐＯｕｔｌｏｏｋに入力です。「予定表」を紙に出すのはだいたい２週間毎で２ヶ月先の予定まで出します。
実際の仕事の資料（紙）は仕事毎に１つ１つをクリアファイルに入れて縦に積んでいます。基本的には”上から片づける”で優先順位が上がれば上に差し替えるのです。月曜には全部に目を通して順位を見直すとともに下積みになって”やらなくてもよくなった仕事”を捨てます。積んである（文字通り）仕事の山は終業時には抽出に仕舞います。朝には抽出から出しますがこのときに一応ペラペラと見て優先順位を変えることもします。　これを私は「仕事のスタック方式」と呼んでいます。（ＬＩＦＯですね）

突発的な仕事は仕方ないとして、私がやっている事をご参考までに。

まず、準備としてExcelの1シートに15分単位のタイムラインで
1週間のスケジュールを記述できるようにします。
一日のスケジュールは「予定」と「実際」に行った仕事を隣りあわせで
記述できるようにし、明日予定している仕事を前日に記述します。
そうすることにより、より明日の仕事の流れが明確になりますし、
当日もその時間通り動いてみます。
そして当日になったらその脇にその時間帯に行った仕事を
記述していく感じです。
予定には「優先度」や「定例業務」「資料作成」「打合せ」などを
プルダウンで選択できるようにし、その隣に仕事を加え、
当日には「突発」とかの項目を加えると振り返った時に役立ちます。
それを1シート1週間で計4〜5シート作成します。
一つのExcelファイルで一ヶ月分の仕事内容が把握できます。
これが蓄積されていくと、振り返った時に突発作業が何曜日もしくは
何時に発生しやすいかが予測されると思います(あくまでも予測)

私は15分間隔で作成してますが、実際に記述する予定は1〜2時間単位です。
一つの仕事は少し多めの時間で予定を入れると、突発作業があっても
若干修正が利きます。
あとは一日のうち優先度の高いものと突発作業で邪魔されても平気なレベルの
仕事を2時間程度入れておくと、取りこぼしにも気付きやすくなりますし
優先度の低い仕事も後回し過ぎないレベルで終わらせる事が出来ます。

結構アナログですが、「明日は定時に帰りたいから優先度の低い仕事を入れておこう！」とかやって、いざ突発作業が発生しても対応可能な状態に
自ら持っていきます。
これをやると大体14時前後に優先度が高い仕事が集まってしまいますが、
眠気は14時までにさよならしておかないとミスが起きるかもしれません(笑)

参考までに普段利用している日時管理シートの簡略版を添付しときます。

desatoさんのコメントすごいです。
私もOutlook2003を使っていますが予定表しか使っていません。

こんな身分なのに会議に呼ばれることが多いのでOutlookの予定表に会議を書き込んでいます。

普通の仕事は毎月同じペースで来るので１ヶ月の予定をExcelで作成して上司に提出しています。この仕事の次はこの仕事という流れがあるのでそれをExcelの１列で表現しています。だから１ヶ月の予定を作ると言っても基本的には日付を入れ直すだけです。

突発的な仕事は毎日のようにあります。お客が来たからお茶をいれてとか、労働基準局に書類を持って行ってくれとか、社員が入社・退社したのでサーバに登録してくれとかです。これは大抵は最優先なのですぐにやるだけです。