Chatworksを使用したことがないので比較はできないですが、OneNote,Teamsを毎日使用して業務を行なっています。どちらも便利に使っていて、特にOneNoteはここ2年くらいでかなり社内に浸透してきた感触です。（具体的には、議事録を作成するツールにWordではなくOneNoteを採用する部署が増えました）

1.外部アクセスのセキュリティ
2.OneNote、Teamsに保存されたデータのバックアップ方法、その他保存データの運用
3.退職時の運用（2に関連）

上記は全て365が担保しています。Azure AD上で365のアカウントを登録して、会社のアカウント/パスワード/会社のデバイスの3点が揃わないと365にアクセスできません。
データは全て365上にあるので、特にバックアップは取りません。
退職時はアカウントを削除するので、退職者が365にアクセスすることはできません。

4.インシデント発生時の運用（PC・スマホ紛失、ウイルス感染）
これらは365とは別の話かもしれません。スマホはMDMツールからリモートでワイプ、PCはHDDをBitlockerで暗号化しているので紛失時のデータ流失はそれで防ぐ、という方針です。

以上、参考になれば幸いです。