以下対応にて事象改善
AWS の回答（抜粋）
`当方にて調査いたしましたところ、現在、以下の操作を行うと、カスタム AMI から起動した Windows Server 2016 インスタンスのルーティング情報が適切に設定されず、メタデータサーバー( 169.254.169.254 )にアクセスできなくなる事象が発生していることが確認されました。
1. AWS が提供している Windows Server 2016 の AMI からインスタンスを起動
2. 上記のインスタンスから AMI を取得
3. 2 で取得したカスタム AMI から異なるサブネット環境にインスタンスを作成
お客様の今回のケースもこの事象によるものではないかと存じます。
上記の問題につきましては、AWS としても将来的な修正を検討しております。修正が完了するまでの間、お客さまにはご不便をおかけいたしますが、なにとぞ、ご理解を賜りますようお願い申し上げます。
なお、Windows Server 2016 より前のバージョンの Windows、および、Linux 環境においては、当事象の発生は確認されておりません。
こちらのエラーの対処法として、以下の PowerShell スクリプトを実行していただくことで、メタデータサーバーへのルーティング情報が適切に設定されます。
Import-Module $env:ProgramData\Amazon\EC2-Windows\Launch\Module\Ec2Launch.psm1
Add-Routes
なお、今後もカスタム AMI から Windows Server 2016 のインスタンスを立ち上げた際に同様の事象が起こることが懸念されます。
カスタム AMI からインスタンスを起動した際にこの Powershell スクリプトが実行されるよう、例えば「AddRoute.ps1」とファイル名をつけて保存していただき、タスクスケジューラで起動時に実行するように設定する、といった対処を実施していただきますようよろしくお願いいたします。
`
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起動時エラー
`C:\Program Files\Amazon\SSM>amazon-ssm-agent.exe
2017// 12:17:31 Failed to load instance info from vault. RegistrationKey does not exist.
2017-07-24 12:17:31 INFO Windows Only: Job object creation on SSM agent successful
2017-07-24 12:17:31 INFO Getting IE proxy configuration for current user: The operation completed successfully.
2017-07-24 12:17:31 INFO Getting WinHTTP proxy default configuration: The operation completed successfully.
2017-07-24 12:17:31 INFO Proxy environment variables:
2017-07-24 12:17:31 INFO httpproxy:
2017-07-24 12:17:31 INFO httpsproxy:
2017-07-24 12:17:31 INFO no_proxy:
2017-07-24 12:17:31 INFO Starting Agent: amazon-ssm-agent - v2.0.847.0
2017-07-24 12:17:31 INFO OS: windows, Arch: amd64
2017-07-24 12:17:38 ERROR error fetching the region, Failed to fetch region. Data from vault is empty. Get http://169.254.169.254/latest/dynamic/instance-identity/document: net/http: request canceled while waiting for connection (Client.Timeout exceeded while awaiting headers)
2017-07-24 12:17:38 ERROR error occurred when starting core manager: Failed to fetch region. Data from vault is empty. Get http://169.254.169.254/latest/dynamic/instance-identity/document: net/http: request canceled while waiting for connection (Client.Timeout exceeded while awaiting headers)
2017-07-24 12:17:38 ERROR error occurred when starting amazon-ssm-agent: Failed to fetch region. Data from vault is empty. Get http://169.254.169.254/latest/dynamic/instance-identity/document: net/http: request canceled while waiting for connection (Client.Timeout exceeded while awaiting headers)
C:\Program Files\Amazon\SSM>`
Event ID 7031/7024 が交互出ている