お疲れ様です。

弊社の場合、某キャリアのiDCを利用しています。
事務所間の回線を検討するにあった手は、キャリアから提供されるバックボーン配下に設置したサーバーが接続されることになりましたので、同じバックボーンキャリアと同じキャリアメーカーの回線を入れる事にしました。
（弊社の場合公開系サーバーとメンテナンス用のプライベートVPNネットワークの接続）

用途等によっても異なるかと思いますが、
iDCによっては、入れられる回線に制限があったりします。
（実際に弊社が利用しているiDCも、他キャリアメーカーの回線を入れようとしたら、なんでそんな回線がいるのか的な質問が何度も来て、事務処理もえらく時間がかかり、大変手間がかかったことを記憶しています。）

回線費用は、各メーカーさんぶつけてみると良いと思いますよ。
NTTとソフトバンクと電力系の3社をいつも検討の対象として弊社は検討しております。競合をぶつけると各社がんばった金額を出してくれます。
（場合によっては、KDDIや地元のCATVをぶつけるのも有りと思います）

東京と新拠点（場所未定）とiDC（場所未定）との間の通信回線を検討しています。
アバウトな質問にはアバウトにしかこたえられないのですが．．．
新拠点は１つなのか　（東京−新拠点−ＩＤＣの３つだけなのか）
新拠点のおおよその場所はどこか　埼玉か沖縄か．．．

１００Ｍｂｐｓの閉域網となると、それも全国展開となると大手通信業者に限られるかと思います。通信業者はなかなか値引きしませんが大きな取引になると意外にも”７５％引き”などということができますので粘り強く交渉しましょう。
足回りにも工夫しましょう。足回り回線＋ルータ保守で安くやるところもあります。”ルータ保守なんて不要”という考えもありますが、何か起きたときにはすべて業者に押し付けができます。

当方は50人ほどの規模で拠点が２つあり、1kmほど離れております。

以前は拠点間無線での通信＋ISDNルータでの専用線（予備）
を引いておりましたがISDN回線が高く、YAMAHAルータ＋光回線を
用いてのVPNへ切り替えました。

その中で一番大きな問題として、
スループットは高くなりましたが、応答速度が低下したため
Windowsでフォルダを開くための待ち時間が増えたり、
SQL-SERVERを用いたアプリケーション（オリジナル）が非常に
遅くなりました。（応答性が重要視される）

よって実効スループットも大切ですが、応答時間＝操作性に
直結する場合があるため、そこも検証が必要です。