お疲れ様です。

私自身、情シスの立場とSIer（プラットフォーム・インフラ構築）の立場としては、悩まれていることが大変よくわかります。

すでに立派な概念ができていますが、私の考える用途や書類を先に書かせて頂きます。

私がネットワークで私が作成する書類としては
・ネットワーク全体概念図（論理全体図）（用途等を踏まえた図で、ルーターやスイッチ等のネットワークレベルを記載した図を書く。PC等は図に記載しない。また、VLAN等で複数が一つの機器であっても用途分分けて記載をする）
・アドレス設計書（各セグメント毎のマスクや用途、ホスト名、IPの割り振りを記載した書類）
・機器設定書（ルーターやスイッチ等の機器設定内容を記載。多機能な物になった場合は設定した箇所のみの記載と＋configを記載、ここにスイッチのポートに接続された一覧を記載する）
・物理全体接続図（実際の機器や回線の接続を記載。VLAN等の場合も物理的なもののみに絞って書く）

ぐらいでしょうかね・・・。

弊社の場合、基幹スイッチにVLANが30個近くきられているので、論理全体図で書くとかなり大変になります。

用途として、スイッチやルーターにどんな設定が入っているのか、また、どこに何がつながっているのかが一番知りたいところですよね。
あとは、なんでこんな設計になっているの？？？がわかるようにするための、論理全体図とアドレス設計書でそれを補うというのが私の考えだったりします。
実際の設定内容は機器設定書を読んでconfigを理解するというやり方です。

書類基準ではなく、用途基準でドキュメントを作成していくともう少し整理ができるのではないかと思います。

上記を踏まえて検討されてみてはいかがでしょうか？

実際システム構成図は、上記の論理全体図とイコールかなと。
ネットワーク構成図は上記＋物理設計図
物理図は、機器設定書になるかと思います。

これに、VPNやNACとかがはいると、AD周りやセキュリティの設計書類が別途必要になるのでさらに面倒です。

ドキュメント作成は大変ですが、がんばってください。

私のところでもシステム構成図は試行錯誤です。　部分的なものはいくつも作成していますが、全体図となると描ききれないのが難点です。
そこで私のところでは　一番大元の「システム運用マニュアル」にいくつもの「システム図」にリンクを貼って、とにかく「システム運用マニュアルからスタートすればそこにたどり着ける」というようにして体系化しました。
図にしても表にしても種々の目的で書かれるため統一書式にするのは難しく「ならばリンク貼っちゃえ」方式でつないだのです。
物理配線図は各フロアのギガスイッチまででしてそこから先の小さいＨＵＢは情シスでは管理を止めました。ポート別の管理をしていないＨＵＢは「何番ポートに何をつないでいる」の管理もやめました。その代りＬＡＮケーブルに「どこから来た」かをしっかり表示するようにしています。
各機器のｃｏｎｆｉｇはテキストファイルで保管しています。