お疲れ様です。

うちは、ADのアカウントはADで管理しています。
ADの目的の1つが、ドメイン情報の管理だと思います。

また、メールサービス等は前任者がExcelで管理しており、
継続してExcelで管理しています。

ただ、本来であれば、ユーザー関連の情報はADで管理するべきであると考えており、将来的にはADに統合するつもりでいます。

SFAやグループウェアは、そのソフト自体の管理機能を使用するか、
ADで管理できそうであればAD、無理ならExcelというのが将来の方針です。

各種ユーザーアカウント（AD、メールサービス、グループウェア、SFA・・・等）
EｘｃｅｌでユーザIDの一覧を作っています。　がそのソフトでユーザ一覧を吐き出す（CSVとか）ことができる場合はそれとExcelの表を突き合わせて棚卸をします。　まぁそれは特に問題はありません。
困るのは　ＬＡＮにつないでいる機器の一覧　とか　（ＬＡＮに繋いでいない者も含めた）パソコンの一覧　とか　は検証が難しいので　ちょっと問題です。　特にウチの場合は　購入は各部門で勝手にできる（ＬＡＮへの接続は申請が必要）ので、知らぬ間にパソコンが変わってたということがあります。

ユーザー管理については、プラットフォームがWindows、Linux、オフコン、ノーツとあるので、統合管理が面倒な状況ですが、基本的にユーザーについては社員マスターと紐づけて、データベース管理してます。

特殊なアカウントについては、用途別に別管理としています。