大変ですね・・・
一般的には、「サポートも切れてますので、最新OSや技術で再構築するべきです！」と言われるのが落ちですが、
世の中そう簡単には、「べき」になりませんよね・・・。
作り込まれたVB6の再構築も、難しそうです。

参考まで、ですが
AcronicsでP2Vしてみるのはいかがでしょうか？
http://www.acronis.com/ja-jp/business/backup/windows-server/
手元にWin2000がありませんので、まったくの保証なしですが、
「Acronis Backup には、ディスク バックアップを仮想コンピュータに変換する方法が複数用意されています。」とマニュアルに記載されていました。
対象OSにWin2000Serverも含まれています。

もしうまくいきましたら、結果報告していただくと嬉しいです。

既にお読みになっている情報かもしれませんが、検索した結果からの推測です。

作業手順
1.Disk2VHD を使って、Windows 2000 Server → 仮想ハードディスク作成（P2V作業)（Virtual Server 用設定仮想マシン）
2.上記で作成された Virtual Server 用設定の仮想マシンを、Hyper-V で動作出来るように各種設定を変更する
3.Hyper-V 上で、Windows 2000 Server の仮想マシン動作

1.の作業は「Disk2vhdで仮想化！！Windows2000server - たまはなの備忘録」を参考にすると良いかと思います。
2.の作業は「山市良のえぬなんとかわーるど: Virtual Server の Windows 2000 仮想マシンを最新 Hyper-V で何とかしたい」を参考にすると良いかと思います。

既に Windows 2000 Server は手許に無いため検証は出来ませんが、たぶん大丈夫だと思います。

長文になってしまいすみません。要点だけでも読んでください。

あらためて「山市良のえぬなんとかわーるど: Virtual Server の Windows 2000 仮想マシンを最新 Hyper-V で何とかしたい」を読んでいて気が付いた事があります。

Windows Server 2008R2 + Hyper-V 2.0 であれば、Windows 2000 Server SP4 がゲスト環境としてサポートされています。手許に Windows Server 2008R2 があれば、適当なPCなどを使用して試してみてください。Windows Server 2008R2 は 2020/01/14 までサポートされます。

Hyper-V の仮想マシンとゲスト オペレーティング システムについて
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc794868%28v=ws.10%29.aspx

マイクロソフト サポート ライフサイクル
https://support.microsoft.com/ja-jp/lifecycle/search/default.aspx?alpha=Windows%20Server%202008&Filter=FilterNO

もし手許に Windows Server 2008R2 が無い場合には、Windows Server 2008R2 を入手する方法を３つ考えました。価格的には１が良いかとは思います。

1.WindowsServer 2008R2 Standard を搭載している、中古サーバーを入手
1-1.中古サーバーを販売している業者「Hyper-V 2.0 が動作する CPU を搭載したサーバー」を条件にリストアップしてもらう（上記のCPUの条件を連絡しても良いと思います）
1-2.必要に応じて、メモリー増設・HDD交換などを検討
1-3.中古サーバー納品後、自己責任で WindowsServer 2008R2 Standard + Hyper-V 2.0 をセットアップ

1-1.ついて詳細説明
両社とも会社で購入した経験があります。どちらもこの手の相談は出来たと思います。

中古UNIXサーバ、中古サーバ、中古ネットワーク機器保守・販売のReuseServer
http://www.reuseserver.net/

コンピューターのおっと PCサーバー専門店　新品・中古 サーバー ワークステーション 即納対応！
http://www.pcserver1.jp/

2.楽天市場やYahoo!オク等で、WindowsServer 2008R2 Standard を入手
（ライセンス的に違法では無いか？は、自己責任で判断してください）
（動作させるサーバーは、ご自分で準備する必要があります）
（CPU の条件を満たしていれば、クライアントPCでも動作するはずです）

3.最新型サーバー上で WindowsServer 2008R2 Standard + Hyper-V 2.0 を動作
3-1.最新型のサーバーを WindowsServer 2012R2 Standard で購入
3-2.サーバー購入後 90日以内に SA を購入
3-3.SA 特典のダウングレード権を行使して WindowsServer 2012R2 Standard → WindowsServer 2008R2 Standard へライセンスを変更
（もしかしたら、SA が無くてもダウンロード権はあるかもしれません）
3-4.自己責任で 最新型サーバーへ WindowsServer 2008R2 Standard + Hyper-V 2.0 をセットアップ
（大手メーカー製のサーバーであれば、WindowsServer 2008R2 Standard 用ドライバーが公開されているはず）
（ショップブランドのサーバーであれば、要相談で最初から WindowsServer 2008R2 Standard でセットアップ済みで納品も可能なのでは？）

3-1.について詳細説明

購入時に CPU の選択には注意してください。確か Xeon であれば問題無いはずです。もしくは Core i5/i7 搭載であれば問題無いはずです。

Windows Server 2008 R2の真価：第4回　Windows Server 2008 R2の目玉機能「Hyper-V 2.0テクノロジ」とは (1/3) - ＠IT
Hyper-V 2.0時代のハードウェア選定　プロセッサ
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/0910/22/news116_3.html

3-2.について詳細説明

「サーバー本体購入後 90日以内であればサーバーと同時に購入したOEMライセンスにSAを付けられる」です。事前にサーバー購入予定の販売店や業者に良く確認してください。

製品ライセンスについてよく寄せられる質問 (FAQ) - マイクロソフト ボリューム ライセンス
https://www.microsoft.com/ja-jp/licensing/about-licensing/product-licensing-faq.aspx

OEM/小売製品ライセンスにソフトウェア アシュアランスを追加できますか?

はい。OEM/小売製品ライセンスに単体でソフトウェア アシュアランスを追加することができます。ただし、この追加は、OEM/小売製品 (FPP - パッケージ製品) ライセンスの購入後 90 日以内に行う必要があります。このオプションは、特定のボリューム ライセンス プログラムを通じて特定の製品についてのみ適用されます。 詳細については、マイクロソフト ボリューム ライセンス製品表をご覧ください。

マイクロソフト製品使用権、製品一覧およびライセンス トピックス - マイクロソフト ボリューム ライセンス
https://www.microsoft.com/ja-jp/licensing/about-licensing/product-licensing.aspx#tab=2

「Windows 2000 Server SP4」対応バックアップソフトを２つ紹介します。
どちらも P2V に使用可能と書いてあります。具体的な方法に関しては各メーカーにご確認ください。

ShadowProtect 5 Server
ActiveImage Protector Server Edition 3.5

おそらくですが、Acronis も含めて、バックアップ対象サ−バーへインストールを行わすに、CD/DVD起動をした状態からのバックアップは対応ししているはずです。ただし、その場合には「RAIDカード」「SCSIカード」などを認識させるために、何らかのDriver読み込みが必要なはずです。
詳細は各メーカーにお問い合わせください。

自分でもわかりづらくなったので、整理します。

★目的：現在稼働している「Windows 2000 Server SP4」のサーバーを、P2V して Hyper-V 上の仮想ゲストマシンとして継続運用したい

★制限事項・注意点
・作業対象は「Windows 2000 Server SP4」がセットアップされたサーバー
・機器構成として、RAIDカード / SCSIカード 等が存在
・出来るだけ作業対象のサーバーへソフトウェアのセットアップは避けたい

★希望
・Windows Server 2012R2 の Hyper-V 上で「Windows 2000 Server SP4」のゲスト仮想マシンを動作させたい
・「Windows 2000 Server SP4」対応バックアップソフトウェアを使用して P2V をしたい

★私が考える問題点
・Windows Server 2012R2 の Hyper-V 上で「Windows 2000 Server SP4」のゲスト仮想マシンはサポート外のため、統合サービスのセットアップができないが運用上問題は無いのか？
・Windows Server 2008R2 の Hyper-V 2.0 では、「Windows 2000 Server SP4」のゲスト仮想マシンはサポートされているため、統合サービスのセットアップが可能。Windows Server 2008R2 単体、もしくはセットアップされた中古サーバーの入手は問題があるのか？
・バックアップソフトを CD/DVD 起動でバックアップした場合に、対象のハードウェアの RAIDカード / SCSIカード は認識出来るのか？
・ソフトウェアのセットアップを行わない、Windows 上のソフト Disk2VHD の使用は問題があるのか？

Hyper-V 関連の情報を整理します

1.Windows Server 2008 → Hyper-V 1.0
「Windows 2000 Server SP4」対応◎ ／ 対応フォーマット VHD

2.Windows Server 2008R2 → Hyper-V 2.0
「Windows 2000 Server SP4」対応◎ ／ 対応フォーマット VHD

3.Windows Server 2012 / Windows 8 → Hyper-V 3.0
「Windows 2000 Server SP4」対応× ／ 対応フォーマット VHD,VHDX

4.Windows Server 2012R2 / Windows 8.1 → Hyper-V 3.1
「Windows 2000 Server SP4」対応× ／ 対応フォーマット VHD,VHDX
エミュレートデバイスを全廃した第二世代仮想マシンの導入。

Disk2VHD 関連の情報を整理します

・Disk2VHD は「物理ドライブを仮想ドライブイメージへ変換するツール
・Disk2VHD 最新版 は v2.01
・setup.exe などは無く、disk2vhd.exe をクリックすることで起動
・Disk2vhd v2.01 は「Windows 2000 Server SP4」サポート外
・「Windows 2000 Server SP4」の場合、Disk2vhd v2.01 の動作設定で「Use Volume Shadow Copy」のチェックを外す事で動作可能らしい。

P2V 関連 Tips と言うか経験上注意した方が良い事を書きます

・P2V した仮想マシンが起動しなくても焦らない
（P2V した仮想マシンが何も設定しなくて１回目から起動する事はあります。しかし起動しない事の方が多いです。焦らずに、エラー画面を確認して、検索すれば大抵の場合、何らかの解決策が有るはずです）（個人的に頼りにしているのは「山市良のえぬなんとかわーるど」です。一般的な問題であれば、大抵経験されていて、解決策（回避策）が紹介されています）

・P2V は、最低限 C:\ だけでも OK
（要は P2V した Windows 仮想マシンが、目的のマシンで無事に起動出来るかどうかが重要です、つまり最初は Windows の起動に必要な部分 C:\ だけで作業した方が、何かと楽です）（C:\ 以外のドライブに関しては、P2V した仮想マシンが動作してしまえば、P→V 間 で Network 越しにコピーした方が速いですし楽です）

・P2V に成功したら、まずは VHD ファイルをコピー。コピーしてから各種設定作業を開始。
（どんなに急いでいても、忘れずに）（一旦ファイルになってしまえば、通常のファイル管理と同じです。オリジナルを残してから、作業を開始しないと、もう一度 P2V を実行する羽目になります）

・設定を変更した VHD ファイルは、わかりやすい名前で別名保存
（上と同じファイル管理の基本的な事ですが、忘れると何時間かの作業がパーになる事があります）

・Boot.ini ファイルの変更に慣れる
（メーカー製PCの場合、C:\ の前に[Dell Utility]のような非表示のパーティションが存在する場合があります。そのようなシステムを Disk2VHD で P2V すると Windows が見付からずに起動出来ない事があります。これは非表示のパーティションは P2V されていないためです。そのような場合には慌てずに、boot.ini を変更する必要があります）
（Windows 7/8 等で VHD をマウントして、実際の VHD のパーティション構成と、boot.ini の構成を一致させます）
（P2V した Windows 7 の場合には、DVD で起動するなどして修復すれば、大抵の場合は起動出来るようになります）