お疲れ様です。

人事管理システムとのデータ連携は優位性があるが、
他のワークフロー実装には相当のカスタマイズを
しなければいけないことが分かりました。

人事管理システムとのデータ連携をするためには、他のシステムでカスタマイズが必要・・という意味でよいでしょうか。
それとも、人事管理システムとの連携に関係なく、他のシステムでカスタマイズが必要・・という意味でしょうか。

前者だと仮定すると、費用対効果によるのではないでしょうか。
連携することで費用に見合った効果が得られるのであれば、費用をかける意味があるのだと提案するべきでしょう。
費用に見合った効果が無いのであれば、無理に連携する必要もありません。

1.ワークフローをHR、CRM、SFA等のモジュール的な位置づけで
　個々の業務ごとに分散させるのは非効率でしょうか。

費用を最小限に抑えるという意味では、個々の業務ごとに専用パッケージを選定し、連携するのが効率的でしょう。
ただし、現業務のやり方を変えたくないとなると、どうしてもカスタマイズが必要になります。
データ入力時の便利機能１つ取っても、パッケージにないものはカスタマイズなのです。
パッケージの一般的なフローに合わせることで業務を効率化できるんだ、細かい便利機能は付けても費用対効果が少ないでしょ、と言って現場を納得させられるかが問題です。

2.社内のワークフロー全てを一元化管理したい場合に、
　スクラッチせずパッケージで最小限のカスタマイズで
　実現可能でしょうか

現実論から言うと無理だと思います。
最小限のカスタマイズというと、恐らく連携機能のみになると思いますが、
現場担当者が残りをパッケージに合わせるよう仕向けるのは大変難しいです。

基幹業務がシステム化されていない前提ですが、
スクラッチとパッケージ導入の選定基準の一例を記載しておきます。
スクラッチ
・自社のフローに合うパッケージが無く、あってもカスタマイズが多い
　　 →理想：基幹業務のフローが効率化されており、それが自社の強みでもある。
フローの変更は不要であり、基幹業務をITで自動化するだけでよい。
現実：現場が業務の変更を拒み、現場に合わせざるを得ない。
パッケージ
・基幹業務をできるだけ安くIT化したい
→理想：基幹業務のフローをパッケージの効率化されたフローに合わせ、
導入と共に業務効率化を図る。
現実：カスタマイズはお金がかかるため、パッケージに合わせざるを得ない。

長くなりましたが、基幹業務の変更不可な部分を現場と相談し、その部分はカスタマイズ。
それを交換条件に残りはできるだけパッケージに合わせてもらう。
現実は、このパターンがほとんどではないでしょうか。