私のところではApple IDを個人で登録したものを使っている方々が多かったです。
いずれ問題になるのではと↓を検討していました。

Volume Purchase Program
http://www.apple.com/jp/business/programs/

しかし、特に現状問題が発生していないということで検証に時間を割くのがもったいないという結論に至り、今も個人のアカウントを許可している状況です。

会社iPhone でApple IDを使っていますが、
個人で勝手自由に発行されると退社時の返却時にこちらから解除が出来なくなってしまいますので、
運用には注意が必要だと思いました。
会社の指定したものであれば登録してよいということにしてあります。

前の会社でiPhoneを全社員に支給していました。
規模としては約50台ほどですね。

共通IDとして利用することは確かApple側が認めていないと思います。
あとはパスワードが一緒になってしまう、バックアップがとれない等の
主にセキュリティの問題でユーザー毎に作成していました。
他にも共有IDにしてしまうと、誰かがゲームアプリ等を落とすと
全社に「ダウンロード済みのApp」として共有されてしまいますよ。

社内ルールとしては、App Store等でアプリを落とすための
Apple IDは個人のものを利用してもよいが
iCloud IDに関しては「iPhoneを探す」やバックアップ等の設定を
強制したいという意図もあり、会社で作成したIDを使うことにしていました。

ssITさん、茶木さん

ご回答ありがとうございます！

一度「Volume Purchase Program」に関しては
検証してみたいと思います。

まだまだご意見お待ちしております。
よろしくお願いいたします。

DALIさん

ご回答ありがとうございました！

今回ちょうどApp Storeで有料アプリをダウンロードしたいという要望も
ありまして、今回は一旦ご自身のApple IDにて行っていただき別途経費申請という形をとりました。

Macの方もApple IDとは別にiCloud IDを登録するようになっていたのでしたっけ・・・
もう少し深く確認してみないといけませんね・・

アドバイス、参考にさせていただきます！

社内Macに標準で入れるソフトはキッティング時に共通IDで入れてますね。
iPhone・iPadは端末毎にID作って運用したこともあります。
本来はユーザーのメールアドレス単位でクレジットカード無しのID作るのが良いかと。
ただ、そうするとAppleからのメールが送られてくるのでニュース関連の通知は全部チェック外さないとあとでユーザーから問い合わせくるので気を付けたいところです。